Druga część wielkiego hitu braci Wachowski z 1999 roku (Matrix). W rolach głównych ponownie Keanu Reeves (Neo), Laurence Fishburne (Morfeusz) oraz Carrie-Anne Moss (Trinity).

Neo kontynuuje walkę o wyzwolenie ludzkości z niewoli wszechpotężnych maszyn. Towarzyszą mu w tym jego partnerzy z poprzedniej części: Morpheus i Trinity oraz Niobe (Jada Pinkett Smith) - była kochanka Morfeusza, także zbuntowana przeciw wszechwładzy komputerów i automatów, które uwięziły ludzkość w iluzji rzeczywistości. Bohaterowie trafią do legendarnego, podziemnego miasta Zion, zamieszkanego przez kilkuset ludzi, którym udało się zbiec ze zgotowanego im przez maszyny cyberwięzienia. Oczywiście w filmie pojawi się także niezwykle groźny Agent Smith, tym razem w udoskonalonej wersji 2.0. Neo i przywódcy buntu przeciw maszynom szacują, że za 72 godziny Zion zostanie odkryty i unicestwiony wraz ze wszystkimi zamieszkującymi go ludźmi. Przez ten czas musi rozstrzygnąć w jaki sposób może uchronić Trinity przed fatalnym losem, jaki widzi w swoich snach... 250 000 Strażników czeka na powierzchni Ziemi, żeby zaatakować ostatnie i jedyne miasto ludzi, którzy mają zaledwie 72 godziny, aby przygotować się do obrony. Za radą Wyroczni Neo, Trinity i Morfeusz wyruszają na poszukiwania Klucznika, programu, który może otworzyć drzwi prowadzące do Źródła - centralnej jednostki Macierzy. Wierzą, że w ten sposób powstrzymają maszyny przed atakiem.