XVII wiek. Dwóch młodych jezuickich księży - Sebastiao Rodrigues (Andrew Garfield) i Francis Garupe (Adam Driver) - przemierza tysiące kilometrów, chcąc przedostać się potajemnie do Japonii. Trwa tam bezwzględna walka z chrześcijaństwem. Misjonarze próbują znaleźć swojego nauczyciela, ojca Cristovao Ferreira (Liam Neeson). Podróż wystawia na próbę ich wiarę.